Reute blickt auf eine lange Geschichte zurück. Die in den achtziger Jahren bei Grabungen des Landesdenkmalamtes entdeckten Überreste eines Hauses belegen jungsteinzeitliche Besiedlungen bereits im Jahr 3700 vor Christus. Der heutige Ortskern geht jedoch auf eine Rodesiedlung der Alemannen zurück, die im dritten nachchristlichen Jahrhundert den Limes durchbrachen und das gesamte römische Gebiet eroberten.
Der bis 1260 belegte Ortsname Liutbrahtesriute nennt den Sippenältesten Liutbraht (Leiprecht) als Gründer. Bei einer Klostererweiterung wurde eine Reihengrablege mit typisch alemannischen Grabbeigaben gefunden. Demnach war der heutige Klosterberg, der noch Ende des 18. Jahrhunderts „Hünenberg“ hieß, eine alemannische Kultstätte, in deren Nähe der Sippenälteste seinen Wohnsitz mit direkt anschließenden Feldern hatte. 801 wurde dort eine Kirche erbaut, die jedoch zusammen mit dem Ortskern 926 schon wieder durch die Ungarn zerstört wurde.
Im weiteren Verlauf des Mittelalters wechselten die Herrschaftsverhältnisse mehrfach. Die Ortschaft und mit ihr das Kloster Reute wanderten durch die Hände verschiedener geistlicher und weltlicher Besitzer, unter ihnen das Kloster Weißenau, das Augustiner-Chorherren-Stift St. Peter in Waldsee und die Fürsten von Waldburg-Wolfegg-Waldsee. Im großen Bauernkrieg 1525 wurden die Nachbarorte Gaisbeuren, Dinnenried, und Atzenreute vom Heer des Truchsess Waldburg, dem sog. „Bauernjörg“, völlig zerstört. Eine Beteiligung Reutener Bauern lässt sich nicht belegen.
Der Dreißigjährige Krieg (1616–1648) hinterließ in unserer Gegend ab 1632 schreckliche Spuren und brachte Pest und Tod. Bis auf ein Haus in Tobel wurde die gesamte Ortschaft niedergebrannt und zerstört, von 240 Bewohnern lebten nach Kriegsende nur noch sieben.
Das Chorherrenstift in Waldsee warb weit und breit neue Siedler an und half beim Wiederaufbau. Als Zeichen neuen Lebens wurde die Friedenslinde gepflanzt, die 47 Meter hoch im Jahr 1976 wegen Brüchigkeit und Verkehrsgefährdung stark zurückgeschnitten werden musste. 1991 wurde schließlich auch der Stumpf entfernt und an der alten Stelle eine neue Linde gepflanzt.
Ein großer Einschnitt in die Geschichte des damals unter österreichischer Herrschaft stehenden Reute war das Jahr 1788, in dem Kaiser Joseph II. das Chorherrenstift in Waldsee aufhob, nachdem er bereits 1784 das Kloster zu Reute geschlossen hatte. Der gesamte Besitz Reute fiel 1788 an den Fürsten von Waldburg-Wolfegg-Waldsee. Als Folge der Napoleonischen Kriege ging 1806 das ehemalige Vorderösterreich und damit auch Reute an das Königreich von Württemberg.
1849 wurde Reute durch Aufhebung des standesherrlichen „Fürst Wolfegg-Waldseeischen Bezirksamts“ unmittelbar dem Staat unterstellt: Die politische „Gemeinde Reute“ war geboren. Ebenfalls 1849 entstand im Zuge der Verlängerung der Eisenbahnstrecke Friedrichshafen-Ravensburg bis Biberach der zur Gemeinde gehörende Bahnhof Durlesbach, der bis 1867 auch für Waldsee zuständig war.
1938 kam das Oberamt Waldsee zum neuen Kreis Ravensburg. In den beiden Weltkriegen musste auch Reute einen hohen Blutzoll bezahlen. Das Kriegerdenkmal weist aus der Kirchengemeinde zweihundertzwanzig Kriegsopfer auf.
Am 1. Dezember 1971 gliederte sich die bis dahin selbständige Gemeinde notgedrungen durch die Verwaltungsreform der Stadt Bad Waldsee ein. Mit der Eingemeindung verlor Reute die politische Selbständigkeit. Seither hatte Reute mit Paul Schurer (1971–1989), Hans Frick (1989–1994) und Anne Rose Zembrot (seit 1994) drei ehrenamtliche Ortsvorsteher sowie mit Oskar Stollsteiner (1971–1980) und Franz Bendel (seit 1980) zwei Verwaltungsleiter.
Die Ortschaft Reute liegt im Ortskern 579 m über NN und zählt heute 2411 Einwohner, wovon 250 im Kloster leben (Stand 22. August 2002). Zur Gemeinde zählen neben dem Kern die Teilorte und Einzelgehöfte Ober- und Untermöllenbronn, Eibhaus, Magenhaus, Erlen, Stadel, Greut, Spätenhof, Josefshof, Tobel, Waldacker, Durlesbach und die Exklave Heurenbach.
Reute wird vom Durlesbach durchflossen, der sich am Ortsrand in den Tobel stürzt und ungefähr hundert Meter tiefer in die Schussen mündet. Der dortigen zu Reute gehörenden Siedlung gibt er den Namen Durlesbach genauso wie der 1989 fertiggestellten Mehrzweckhalle. Die Durlesbachhalle wird nicht nur intensiv zum Schulsport und von den örtlichen Sportvereinen genutzt, sie ist mittlerweile auch beliebte Ausrichtungsstätte für die unterschiedlichsten Veranstaltungen. Während des Jahres dient sie etwa dem Musikverein als Konzertsaal für das jährliche Osterkonzert und dem Fußballverein für Disco-Veranstaltungen. Einmal jährlich ist die Durlesbachhalle jedoch auch fest in närrischen Händen: Am Reutener Fasnets-Wochenende findet samstags mit buntem Programm der „Kinder- und Gemeindenachmittag“ statt. Im Anschluss an die von der Narrengilde gestaltete Gemeindemesse am Sonntag wird hier der Zunftmeisterempfang abgehalten. Nach dem Umzug wird in der Halle hauptsächlich von den Umzugsteilnehmern ausgiebig gefeiert.
Bekannt ist Reute aber in erster Linie durch das Franziskanerinnen-Kloster und das Grab der seliggesprochenen „Guten Beth“ von Reute. Sie wurde 1386 als Elisabeth Achler geboren und lebte von 1403 bis 1420 im Kloster Reute. Die Seligsprechungsfeierlichkeiten zu Ehren der „Guten Beth“ vom 30. Mai bis 9. Juni 1767 mit 150000 Besuchern brachten der Gemeinde großes Ansehen. Die Narrengilde ist mit dem Kloster eng verbunden: das von Schwestern des Klosters genähte und mit Wappenlilien bestickte königsblaue Samt-Häs von Vorstandschaft und Narrenrat ist nur ein Beispiel dafür. Auch die Schnurrer werden im Kloster Jahr für Jahr freundlich empfangen.
Reute ist heute ein beliebter Wohnort. Durch die zentrale Lage im Herzen Oberschwabens und die nahe Anbindung an die B 30 sind alle größeren Städte mit dem Auto oder Bus in Kürze zu erreichen. Auch die Bahnhöfe in Bad Waldsee und Aulendorf sind nah gelegen. Alle Dinge des täglichen Bedarfs sind beim Bäcker, den Metzgereien und den landwirtschaftlichen Betrieben erhältlich. Arzt und Zahnarzt sind genauso hier wie eine Post-Filiale, die Raiffeisenbank, eine Zweigstelle der Kreissparkasse, ein Friseursalon, eine Elektrofirma, eine Tankstelle mit KFZ-Werkstätte, Bagger- und Transportbetriebe und viele andere Handwerksbetriebe. Grundschule, Kindergarten, Sportanlagen, weit über den Ort hinaus beliebte Gastronomiebetriebe und nicht zuletzt ein ausgeprägtes Vereinsleben machen es angenehm, hier zu wohnen.